全球首個生物芯片產品問世雖然已有20多年的時間，但生物芯片分類方式仍沒有完全統一的標準。比較常見的分類方式有3種，分別是按用途、作用方式和成分來分類。

（1）用途分類

生物電子芯片：用于生物計算機等生物電子產品的制造。

生物分析芯片：用于各種生物大分子、細胞、組織的操作以及生物化學反應的檢測。生物電子芯片目前在技術和應用上并不十分成熟，一般情況下所指的生物芯片主要為生物分析芯片。

（2）作用方式分類

主動式芯片：是指把生物實驗中的樣本處理純化、反應標記及檢測等多個實驗步驟集成，通過一步反應就可主動完成。 特點是快速、操作簡單，因此有人又將它稱為功能生物芯片。主要包括微流體芯片（microfluidic chip）和縮微芯片實驗室（lab on chip，也叫“芯片實驗室”，是生物芯片技術的高境界）。

被動式芯片：即各種微陣列芯片，是指把生物實驗中的多個實驗集成，但操作步驟不變。 其特點是高度的并行性，目前的大部分芯片屬于此類。由于這類芯片主要是獲得大量的生物大分子信息，最終通過生物信息學進行數據挖掘分析，因此這類芯片又稱為信息生物芯片。包括基因芯片、蛋白芯片、細胞芯片和組織芯片。

（3）成分分類

基因芯片（genechip）：又稱DNA芯片（DNA chip）或DNA微陣列（DNA microarray），是將cDNA或寡核苷酸按微陣列方式固定在微型載體上制成。

蛋白質芯片（proteinchip或protein microarray）：是將蛋白質或抗原等一些非核酸生命物質按微陣列方式固定在微型載體上獲得。芯片上的探針構成為蛋白質或芯片作用對象為蛋白質者統稱為蛋白質芯片。

細胞芯片（cellchip）：是將細胞按照特定的方式固定在載體上，用來檢測細胞間相互影響或相互作用。

組織芯片（Tissuechip）：是將組織切片等按照特定的方式固定在載體上，用來進行免疫組織化學等組織內成分差異研究。

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