水樣預處理系統主要是保證進行自動分析儀的水樣能滿足儀器的分析要求。水樣預處理系統一般分為二級的處理措施，第一級是一個包含粗過濾器取水頭的沉砂分離裝置，主要是通過粗過濾芯和靜置除去水樣中的直徑較大的顆粒物，避免在取水過程中水樣中大的顆粒物質進入在線自動分析儀器。第二級是高效低維護過濾器，過濾芯根據不同儀表的具體要求進行選配。水樣的濁度對采用電極方法進行測量的儀器的影響較小，對過濾芯的孔徑要求也就可以相應地放寬，這樣可以降低過濾芯的維護頻率；而采用比色法進行測量的儀器，對水樣透明度的要求較高，這時過濾芯的選擇就應根據儀器測量原理事先對水樣提出過濾要求，避免對測量結果的準確性產生影響。水樣預處理系統一般應具備氣水混合清洗的功能。