至今細菌鑒定,檢驗的方法有三大類:傳統方法,傳統法基礎上的數值化方法,化學及分子生物學的方法.每一類派生出幾種方法及檢驗儀器.我國以往多用傳統的方法,俗稱培養法,即細菌培養后根據鏡檢其形態特征和分析其生理代謝特征檢驗細菌.近幾年業,我國已大量引進國外20世紀90年代以后推出的新方法和儀器,應有和較廣的是:
       (1) 根據不同細菌對不同碳源的利用率進行自動鑒定和檢驗，這屬于數值化方法和儀器，如APL、ATB、VITEK、等系統。
       (2) 利用抗原和抗體間專一性結合、免疫反應，進行的致病菌檢驗，其中以酶聯熒光免疫分析（ELFIA）為代表，如VIDAS系統。
       (3) 運用基因檢測技術檢測病原菌，如杜邦公司開發的BAX系統可用于進行均種鑒定、分型，RP（Ridopvinter）系統用于溯源。
       (4) 根據不同細菌都具有特征性的脂肪酸圖譜進行細菌鑒定。
       (5) 基于表面等離子諧振（SPR）生物傳感器開發的致病菌檢驗系統，如Biacore系統。
       (6) 基于生物芯片為平臺，使用致病菌檢測試劑盒，檢測致病菌的系統的生物芯片檢測系統。     
       致病菌檢驗和細菌自動鑒定系統的國外著名生產廠家為Biomerieux、Dupont、Agilant、Biologe、GEHeailhcare和Biacore 等；

       國內以往尚無正式生產廠家，只有抑菌圈測定儀的廠家，這是一個極大的缺陷。需知從世界范圍講，致病菌引發的食品中毒案例，是食品安全中的首位，所以期待著有更多的國產儀器推出、并占領這一巨大的市場。